我科属国家教育部重点学科、国家卫生部重点专科。甲状腺乳腺外科亚专业成立于上世纪70年代末80年代初，是国内最早成立甲状腺、乳腺专业的单位之一，创始人分别是徐惠珍教授和陈佩珍教授。历经30多年的专业发展，已由最初的属于普通外科的专业组独立成一个集医、教、研一体的西南地区甲状腺乳腺疾病的诊疗中心。目前中心有4名教授、6名副教授、11名主治医师、6名主管护师、 24名护师，3名护士，2名国际伤口治疗师，1名伤口治疗专科护士，2名静疗专科护士，1名感控护士。 我科是国内规模最大的甲状腺乳腺疾病诊疗中心之一，每年门诊量7万余人次，收治3000余例来自全国各地的甲状腺乳腺疾病患者，其中不少是疑难重症，在专业上已经形成了一个完善的治疗体系，并与多个学科如肿瘤科、内分泌科、肾病科、泌尿外科、医学影像科、核医学科、病理科等多个科室组成多个疾病协作中心，针对不同的疾病采用多种不同的联合治疗方案，尤其对晚期甲状腺癌的综合治疗更是取得了良好效果，在国际上处于领先水平，使得大量极晚期甲状腺癌患者得到了更加完善的治疗并取得良好的生活质量；对甲状旁腺功能亢进的研究，处于国内领先水平。在此基础上，我科开展多种创新技术，如多元运动神经探测仪对复杂甲状腺手术中喉返神经的探测等、喉返神经探查吻合术、超声刀辅助小切口甲状腺切除等。在乳腺疾病诊治领域，把握乳腺癌治疗发展的方向，在省内率先开展乳腺癌的功能化、微创化治疗，如：早期乳腺癌的前哨淋巴结切除活检替代腋窝淋巴结清扫技术，以及乳腺癌术后各类即刻或延期乳房重建手术，处于西部领先的地位；在省内首先开展乳腺内窥镜检查及乳腺良性肿瘤的微创手术近10年，显著提高了乳头溢液疾病的诊断水平，基本解决了长期以来治疗棘手的乳腺多发性良性肿瘤的治疗难题；同时与肿瘤科等多专业合作成立了乳腺癌多学科协作中心，建立并长期维护运行着华西医院乳腺癌数据管理库，初步建立起了乳腺癌的慢病管理体系，完善了乳腺癌的规范化综合治疗，大大提高了整体治疗水平。同时，我科还承担了大量面向全国的继续教育任务。 在完成临床疾病治疗的同时，我科还承担了多项省部级科研项目，在乳腺癌分子生物学方面进行了深入的研究，特别对癌基因、肿瘤新生血管形成与乳腺癌的发生发展及复发转移的关系的研究为乳腺癌治疗提供了新的思路；乳腺软组织工程的基础研究处于国内先进水平。在甲状腺NIS蛋白研究方面，发现不同甲状腺疾病其表达水平和表达方式是不同的，并在国内率先已经将该表达用于对甲状腺疾病的病理分型；同时对甲癌基因突变及甲状旁腺移植等研究领域位于国内先进水平。本科室的多项研究成果获得省部级科研进步奖。 在科研教学上，承担了在校5年制本科，7年制硕士，8年制博士生的专业教学任务以及海外留学生教学任务，并承担了国家级本科教材的编写任务。在近几年培养了二十余名的甲状腺乳腺专业的研究生。